Le vol du Saint Graal dans la ville de Fuyuki ouvre la voie à un monde parallèle où se déroule une guerre dévastatrice d'une ampleur sans précédent.

Segunda parte, continuación de "La Historia del Cominezo". Madoka intenta aún decidir si convertirse o no en una chica mágica tras darse cuenta de que no se trata del trabajo divertido y desenfadado que parecía al principio...

En 1972, Misaki, une élève de la troisième 3, est décédée. Cette jeune fille, étudiante studieuse et sportive était admirée de tous ses camarades de classe. Après sa mystérieuse mort, ces derniers décidèrent d’agir comme si Misaki était toujours parmi eux et ceci, jusqu’à la fin du lycée. En 1998, un jeune garçon du nom de Kôichi Sakakibara est transféré dans cette même classe. Il y rencontre une atmosphère mystérieuse et des élèves apeurés. Sa curiosité est éveillée par une adolescente étrange, portant un bandeau sur l’œil et à qui personne ne parle. Son nom est Misaki…

Habitué à être populaire auprès des filles, Kanie Seiya n'est pas étonné de se faire accoster par Isuzu, une nouvelle élève tout fraîchement transférée. Il l'est toutefois beaucoup plus lorsque celle-ci sort un fusil en lui demandant de l’emmener au Parc d'attraction Amagi Brilliant Park. Sous la menace, celui-ci se voit contraint d'accepter et découvre le jour du rendez-vous que le parc n'est plus que l'ombre de lui même. Seiya s'aperçoit en effet que toutes les attractions sont obsolètes et commence rapidement à s'agacer jusqu'au moment où la propriétaire du parc lui propose de devenir le manager afin d'éviter l'imminente fermeture de ce dernier. 

Alors que le sage Najib peine à déchiffrer les mystérieuses inscriptions ornant la lampe magique, Sana sent qu’il est temps pour elle de révéler son passé à ses compagnons. Comme en réponse à la confession de la jeune fille, la lampe révèle enfin ses secrets ! Voici nos compagnons partis en quête de la nuit en plein jour et des portes étranges !

Después de tener una extraña pesadilla, Madoka Kaname, una chica de 14 años encuentra a una criatura mágica llamada kyubee. A Madoka y Sayaka Miki, su amiga, les ofrece la oportunidad de ganar poderes mágicos si están de acuerdo en hacer un contrato con el. Kyubee les ofrece cumplir un deseo, pero a cambio deben arriesgar sus vidas para luchar contra brujas. Criaturas que, nacidas de maldiciones,son responsables de muchos asesinatos y suicidios. Una aliada de kyubee, una chica mágica llamada Mami Tomoe, se hace amiga de ellas y las alienta a aceptar el contrato. Por razones desconocidas, otra chica mágica llamada Homura Akemi esta decidida a impedir que Madoka acepte la oferta.

La historia se desarrolla en Nueva York, que está iluminada con luces de Navidad. El oficial de la Policía Metropolitana de Tokio, Akari Kido, está dirigiendo el tráfico mientras se encuentra en su programa de entrenamiento de intercambio internacional, cuando un personaje parecido a una bruja hace una broma de "Fiesta de Navidad". Justo antes de que un camión de remolque fuera de control se estrella contra Akari, una misteriosa chica aparece de repente y grita: "¡Voy a proteger a Nueva York y a Akari!"

Versión extendida del cortometraje develado en el evento por el 40º aniversario del Estudio SHAFT, que adelanta la futura cuarta película de Puella Magi Madoka Magica, con la participación de todo el staff original.

La Ley del Ciclo guía a las Puella Magi salvándolas de la desesperación, ¿pero siempre fue así? Madoka Kaname, la que una vez fuera una chica normal y corriente que vivía los días más felices de su vida, sacrificó su propia existencia para romper la cadena que ataba a todas las Puella Magi a un destino cruel. (FILMAFFINITY)

Madoka Kaname mène une vie paisible au collège Mitakihara en compagnie de ses amies Sayaka Miki et Hitomi. Un jour de cours, une nouvelle élève est transférée dans la classe de Madoka et ses amies. Elle se prénomme Homura Akemi. Peu de temps après, Madoka tombe nez à nez avec une créature se faisant appeler Kyuubey fuyant Homura, usant de pouvoirs pour la détruire. Madoka ne se doute pas que cette rencontre va chambouler sa vie paisible...

Hakuno Kishinami se réveille sans aucun souvenir au beau milieu d'une guerre féroce dont l'enjeu est le Saint-Graal. Malgré sa confusion, il doit se battre pour survivre.